| Alicia Oshlack | |
|---|---|
 | |
| Almamater | University of Melbourne (BSc, PhD) |
| Dikenal atas | Profiling ekspresi seluruh genom |
| Penghargaan | Ruth Stephens Gani Medal (2011), Millennium Award (2015)[1] |
| Karier ilmiah | |
| Bidang | |
| Institusi | |
| Disertasi | (2002) |
| Situs web | oshlacklab |
Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack [3] [2] adalah seorang ahli bioinformatika asal Australia yang menjabat sebagai Co-Head of Computational Biology di Peter MacCallum Cancer Centre, Melbourne, Victoria. Oshlack dikenal karena kontribusinya dalam pengembangan metode analisis data transkriptom[4] untuk mengukur ekspresi gen. Dia juga telah mengkaji peran ekspresi gen dalam evolusi manusia dengan membandingkan manusia, simpanse, orangutan, dan kera rhesus. Selain itu, ia berkolaborasi dalam analisis data untuk memajukan penggunaan RNA-sequencing (RNA-seq) dalam diagnosis penyakit melalui sampel RNA klinis.
Riset
suntingAnalisis ekspresi gen
suntingPenelitian Oshlack [5] berfokus pada pengembangan teknik analisis ekspresi genom, dengan penekanan pada pendekatan komputasi dan statistik untuk data transkriptom. Karya-karyanya mencakup metode untuk koreksi latar belakang mikroarray dua warna,[6] normalisasi data mikroarray,[7] analisis perbandingan data RNA-seq,[8][9] serta normalisasi pola metilasi dalam data beadchip DNA manusia.[10]
Evolusi manusia
suntingMetodologi yang dikembangkan oleh Oshlack telah memungkinkan analisis tingkat ekspresi gen antara manusia dan primata lainnya secara objektif. Penelitiannya yang membandingkan tingkat ekspresi gen pada jaringan hati lima individu dari empat spesies primata—manusia, simpanse, orangutan, dan kera rhesus—mengungkapkan adanya evolusi cepat pada faktor transkripsi pada manusia.[11] Penelitian terkait lainnya mempelajari perubahan tingkat ekspresi faktor-faktor ini di berbagai jaringan manusia.[12] Sebagai penghargaan atas karyanya, Alicia Oshlack menerima Medali Ruth Gani untuk Genetika Manusia dari Akademi Ilmu Pengetahuan Australia pada tahun 2011.
Referensi
sunting- ^ Lorne Genome Conference - Awards
- ^ a b Karya Alicia Oshlack yang terindeks di Google Scholar
- ^ Oshlack. (Thesis). University of Melbourne.
- ^ Oshlack, A; Wakefield, M. J. (2009). "Transcript length bias in RNA-seq data confounds systems biology". Biology Direct. 4: 14. doi:10.1186/1745-6150-4-14. PMC 2678084. PMID 19371405. Pemeliharaan CS1: DOI bebas tanpa ditandai (link)
- ^ Young, M. D.; Wakefield, M. J.; Smyth, G. K.; Oshlack, A (2010). "Gene ontology analysis for RNA-seq: Accounting for selection bias". Genome Biology. 11 (2): R14. doi:10.1186/gb-2010-11-2-r14. PMC 2872874. PMID 20132535. Pemeliharaan CS1: DOI bebas tanpa ditandai (link)
- ^ Ritchie, M. E.; Silver, J; Oshlack, A; Holmes, M; Diyagama, D; Holloway, A; Smyth, G. K. (2007). "A comparison of background correction methods for two-colour microarrays". Bioinformatics. 23 (20): 2700–7. doi:10.1093/bioinformatics/btm412. PMID 17720982.
- ^ Holloway, A. J.; Oshlack, A; Diyagama, D. S.; Bowtell, D. D.; Smyth, G. K. (2006). "Statistical analysis of an RNA titration series evaluates microarray precision and sensitivity on a whole-array basis". BMC Bioinformatics. 7: 511. doi:10.1186/1471-2105-7-511. PMC 1664592. PMID 17118209. Pemeliharaan CS1: DOI bebas tanpa ditandai (link)
- ^ Robinson, M. D.; Oshlack, A (2010). "A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data". Genome Biology. 11 (3): R25. doi:10.1186/gb-2010-11-3-r25. PMC 2864565. PMID 20196867. Pemeliharaan CS1: DOI bebas tanpa ditandai (link)
- ^ Oshlack, A; Robinson, M. D.; Young, M. D. (2010). "From RNA-seq reads to differential expression results". Genome Biology. 11 (12): 220. doi:10.1186/gb-2010-11-12-220. PMC 3046478. PMID 21176179. Pemeliharaan CS1: DOI bebas tanpa ditandai (link)
- ^ Maksimovic, J; Gordon, L; Oshlack, A (2012). "SWAN: Subset-quantile within array normalization for illumina infinium HumanMethylation450 Bead Chips". Genome Biology. 13 (6): R44. doi:10.1186/gb-2012-13-6-r44. PMC 3446316. PMID 22703947. Pemeliharaan CS1: DOI bebas tanpa ditandai (link)
- ^ Gilad, Y.; Oshlack, A.; Smyth, G. K.; Speed, T. P.; White, K. P. (2006). "Expression profiling in primates reveals a rapid evolution of human transcription factors". Nature. 440 (7081): 242–245. Bibcode:2006Natur.440..242G. doi:10.1038/nature04559. PMID 16525476.
- ^ Blekhman, R; Oshlack, A; Chabot, A. E.; Smyth, G. K.; Gilad, Y (2008). "Gene regulation in primates evolves under tissue-specific selection pressures". PLOS Genetics. 4 (11): e1000271. doi:10.1371/journal.pgen.1000271. PMC 2581600. PMID 19023414. Pemeliharaan CS1: DOI bebas tanpa ditandai (link)
