Bentuk molekul enzim tidak selalu sama pada suatu spesies. Variasi bentuk dapat muncul pada suatu enzim dengan fungsi yang sama karena mutasi atau "kesalahan" dalam proses transkripsi. Jika variasi terjadi pada bagian enzim yang aktif (gugus aktif), kemungkinan besar enzim tidak berfungsi sama sekali. Sementara itu, jika variasi terjadi pada bagian enzim yang tidak aktif yang terjadi biasanya perubahan pada daya kerja enzim tetapi enzim masih tetap berfungsi. Variasi ini dikenal sebagai isoenzim atau isozim.
Isoenzim merupakan produk dari gen-gen yang homolog sehingga belum tentu berasal dari lokus yang sama. Isoenzim yang berasal dari lokus yang sama dikenal sebagai allozim (dari allozyme, "allelic enzyme").
Variasi yang disebabkan oleh mutasi dapat diwariskan dan dapat digunakan sebagai pembeda antara satu varietas dengan varietas yang lain karena menunjukkan polimorfisme.
Setiap isoenzim bermuatan listrik berbeda-beda (karena perubahan urutan asam amino penyusunnya) sehingga akan bergerak dengan kecepatan yang berbeda pula pada elektroforesis. Perilaku ini dimanfaatkan dalam genetika molekular untuk membedakan suatu sampel dengan sampel yang lain.
